ポートモレスビーの歴史は、この地の先住民は内陸部で生活していたコイタプ族であり、そこにモツ族が移入してきて海岸沿いに住み着いたのが2000年ほど前のことと考えられ、モツ族は遠洋航海を得意としオーストロネシア語を話す民族であり、先住のコイタプ族は非オーストロネシア語民族で、海に生きる民族と内陸に生きる民族は長い年月をかけて自然に融合していった。
この地を訪れた最初のヨーロッパ人は、1873年に上陸した英国人船長、キャプテン・ジョン・モレスビーで、これを記念して同地はポートモレスビーと命名された。彼は日記で、この地に住む人々が持っている文明に驚きを示している。その翌年にはロンドン伝道会が布教を開始したが、イギリスの保護領となるにはなお10年が必要。
1884年、英国はドイツがニューギニア島の北西部を保護領にしたことを受け、南東部を英国領ニューギニアとし総督府をポートモレスビーに置いた。1975年の独立で、ポートモレスビーは正式にパプアニューギニアの首都となった。